Osnovni pogoj pri predpisu fizikalne terapije je postavitev čim bolj natančne diagnoze, ki naj bo po možnosti anatomska (npr. anatomsko ime okvarjene strukture). Prepisovanje fizikalne terapije “na pamet”, “v zadregi zaradi neznanja”, “kar tako-brez pregleda”, je neustrezno in običajno tudi ne pomaga bolniku. Fizikalno terapijo predpišemo lahko torej pri zdravljenju ene izmed prepoznanih ortopedskih entitet in ne samo zaradi nedefinirane bolečine, za katero ne vemo vzroka, oziroma je lahko prenešena iz drugih organov ali nastane zaradi nadgradnih sindromov.

Obstajajo različne oblike fizikalne terapije:

1. Izvajanje aktivnih vaj, njihov namen je mobilizacija sklepov, krepitev mišic, izboljševanje koordinacije in ravnotežja ter povečevanje aerobne kapacitete (kondicije). Vaje lahko v skladu z diagnozo izvajamo v odprti (okončina ni v stiku s podlago) in zaprti verigi, na koncentričen (krčenje) in ekscentričen način (raztegnitev), v različnih položajih sklepa; na posebnih pripravah pa lahko treniramo tudi izotonično in izokinetično. V določenih primerih izvajamo predvsem izometrične vaje, zlasti je to primerno pri bolečini v vratni hrbtenici, pri določenih sklepih pa predpišemo tudi vaje polnega obsega, kot na kolenu. Zelo pomembno je tudi izvajanje razteznih vaj (tonična muskulatura).
2. Hidroterapija: hidroterapija je ugodna metoda, ker omogoča aktivno premikanje sklepov v topli vodi, težnost je manjša, voda zmanjša mišični spazem in zmanjšuje bolečino.
3. Elektrostimulacija mišic. Pri zdravi mišici včasih uporabljamo elektrostimulacijo po operacijah. V teh primerih zadošča že stimulacija z faradičnim tokom, ker je živčevje normalno. V primeru denervacije mišice, npr. po poškodbi perifernega živca ali koreninski okvari, pa mora biti elektrostimulacija močnejša in zato uporabljamo galvanske tokove.
4. Gretje. Površinsko gretje prodira samo nekaj milimetrov pod kožo. Za gretje bolj globokih struktur (npr. mišice, sklepi) uporabljamo tehnologijo, ki omogoča globinsko segrevanje. To so kratkovalovna in mikrovalovna diatermija ter ultrazvok. Pri uporabi teh aparatov prihaja do segrevanja teh struktur s konverzijo energije, kar pa ima za posledico vazodilatacijo, zmanjšanje mišičnega spazma in zmanjšanje bolečine.
5. Krioterapija. Krioterapija je indicirana za zmanjševanje posledic opeklin in za stanja neposredno po poškodbah. S krioterapijo pride do vazokonstrikcije, zmanjša pa se tudi bolečinski prag. Posebna oblika krioterapije je kriomasaža, ki je kombinacija ohlajanja na začetku in nato gretja in je indicirana pri nekaterih subakutnih težavah (npr. burzitis in tendinoza).
6. Transkutana živčna stimulacija (TENS). Uporabljamo jo pri terapiji kronične bolečine, tudi pri refleksni simpatični distrofiji. Uporabljamo jo lahko tudi pri bolečinah v ledvenem delu.
7. Akupunktura. Priporočamo jo predvsem pri zdravljenju kronične bolečine.

Preventivno vadbo priporočamo v asimptomatskem obdobju in z njo želimo preprečiti posabšanje. V simptomatskem obdobju (npr. bolečina ledveno), poskušamo s fizioterapijo zmanjšati bolnikove težave oziroma ga želimo rehabilitirati po preboleli bolezni ali po operaciji. Pravilomo svetujemo modifikacijo fizične aktivnosti in istočasno še eno od oblik fizioterapije (npr. obsevalno iztegovalne vaje pri bolečini ledveno). V hujših primerih je potrebna tudi operativna terapija.

V zadnjem času povsem opuščamo diagnoze, kot so npr. izvin kolena ali periartritis humeroskapularis rame. Namesto teh precej splošnih diagnoz je potrebno postaviti čim natančnejšo patoanatomsko diagnozo, s kliničnim pregledom in morebitnimi dodatnimi preiskavami (npr. z UZ) pa ugotoviti, katera struktura je prizadeta in v skladu s tem predpisati ustrezno zdravljenje. Pogosto predpišemo tudi kombinacijo različnih metod fizikalne terapije.